本发明提供一种畜禽运输箱体分隔机构，属于畜禽运输设备技术领域，包括将运输箱体内分隔为n个单元的分隔机构组件，n≥2，分隔机构组件包括上导轨，上导轨的下方隔空设有下导轨，上导轨与下导轨之间设有栅栏门，栅栏门的一侧上、下端均设有转轴，转轴与上导轨、下导轨对应配合使栅栏门能90°旋转开合且栅栏门与上导轨、下导轨通过滑动锁止；本发明通过分隔机构组件将运输箱体内分隔为若干个栏位，栅栏门可方便从外部操作实现打开，无需人进入箱体内即可实现栅栏的定位，可提高装卸中的操作方便性和效率，另外上下导轨与箱体的连接采用段焊加开槽方式，清洗和消毒时水流可方便流出，清洗方便，保障生物安全。