本发明公开了一种脂肪酸甲酯磺酸盐的制备工艺，包括以下步骤：将ME、三氧化硫在干燥空气中磺化，得到的MESA老化，再与醇胺、粘度调节剂混合，中和，得到的脂肪酸甲酯磺酸盐与二氧化氯混合漂白，得到终产物。制备工艺从源头上抑制了二钠盐的生成，提高了产品的质量，得到的产品既可以用于无水的配方体系，也可以用于含水的配方体系，且配方体系的含水量不影响产品的配伍性；中和后产品粘度低，流动性好，出料更容易；不需要加入甲醇降低粘度，工艺更简单，不需要防爆设备，操作者的安全更有保障；漂白工艺温和，温度较低，时间较短，漂白剂用量少，降低能耗物耗；产品为液态，易溶于水，溶解不需要加热。