本发明涉及复合纺纱技术领域，且公开了一种抗菌芳香纱线的复合纺纱工艺，包括以下步骤：S1：准备原料，棉纤维20‑50份、亚麻纤维15‑35份、铜纤维5‑20份；S2：棉纤维改性，以聚烯丙基胺、NaOH与反应介质均匀混合形成反应溶液，将棉纤维加入到反应溶液中，处理后将棉纤维洗涤至中性，得到阳离子棉纤维；S3：配置芳香料，将芳香剂、硅藻土、活性炭粉末放入混合罐中进行混合，得到混合液A，备用。本发明最终的复合纺纱集合了亚麻纤维、棉纤维和铜纤维，得到的复合纺纱强度高、吸湿透气性能优良，而且铜纤维和亚麻纤维的加入提高了抗菌性能，能够使得芳香剂与棉纤维粘合的更加牢固，提高芳香的持久性。