本发明公开了一种生态反应器，其中池体内底泥层上种植沉水植物；池体中设置载体填料；底泥层和载体填料间设置曝气系统；在池体内设有浮水植物和浮岛模块，浮岛模块上种植挺水植物；池体为透光的亚克力玻璃材质，下进水，上出水。本发明中，生态反应器内溶解氧的变化依赖于植物光合作用与呼吸作用，不依靠曝气系统，可减少动力消耗，节约运行成本；白天在阳光作用下，生态反应器内植物光合作用强于呼吸作用，营造成有氧环境，利于微生物硝化反应；晚上植物以呼吸作用为主，快速消耗水体中氧气，营造厌氧环境，利于微生物反硝化反应。若晚间需要进行硝化作用或其它有氧作用，可设置光源给与反应器中植物以光照，通过光合作用使水体复氧。