本发明公开了一种节水抑盐灌排协同调控方法及系统，所述方法包括：通过获得第一灌排模式集；组成第一水足迹集，其中，所述第一水足迹集与所述第一灌排模式集一一对应；根据所述第一水足迹集，确定第一作物灌排模式；对第一土壤进行抑盐试验，获得第一抑盐试验结果；确定第一土壤覆盖方案；获得所述第一作物的第一产量集，其中，所述第一产量集包括多次试验产量；将所述第一作物灌排模式作为预设模式，将所述第一土壤覆盖方案作为预设方案，结合所述多次试验产量进行灌排协同调控。解决了现有技术中针对盐渍化地区土壤条件无法为节水抑盐灌排协同调控提供准确、有效的理论依据，从而导致盐渍化地区作物产量低、经济效益低的技术问题。