本发明公开了一种拖航浮箱压载水系统及其控制方法，包括第一过滤单元、第一双作用泵、压载输送单元、第二过滤单元、第二双作用泵、泄载输送单元和压载单元；第一过滤单元与第一双作用泵的第一端口连通，第一双作用泵的第二端口与压载输送单元连通，压载输送单元与压载单元连通；第二过滤单元与第二双作用泵的第一端口连通，第二双作用泵的第二端口与压载输送单元连通；第一双作用泵的第三端口与第二双作用泵的第三端口连通；泄载输送单元的一端与压载单元连通；本申请旨在提供一种拖航浮箱压载水系统及其控制方法，根据作业需要及现场工况条件，及时吸入和排出压载水，用于调整系统的重心位置、浮态和稳性。