本发明公开了一种药用玻璃包装瓶自动装箱机，包括第一运输支撑架和第二运输支撑架，所述第一运输支撑架和第二运输支撑架之间安装有运输动力机构。本药用玻璃包装瓶自动装箱机带动第一运输带和第二运输带同步移动，直至移动至夹持组件对齐的位置后停止，侧板在移动的过程中带动气缸同步移动，直至移动至第一运输带的正上方，根据玻璃瓶摆放形成的阵列点，每个U型架与每行对齐，Y方向移动组件通过插杆的移动，调整吸盘嘴的位置与每列对齐，从而气缸驱动吸盘嘴下降，套在每个玻璃瓶嘴上，从而带动玻璃瓶嘴移动至箱体内，能够通过玻璃瓶摆放的阵列进行调整，从而适用于不同的间隙的玻璃瓶进行装箱。