本发明属于饲料加工技术领域，用于解决现有技术中不能将各加工设备联系起来并统一控制，智能化程度低，且难以快速顺利的将混合料运输至目标发酵池中，以及难以对所有运行中的发酵池进行有效监控和调节的问题，具体是一种秸秆发酵动物饲料的智能加工系统，包括秸秆碎料单元、浸泡润湿单元、混配料单元、自动运料单元、饲料发酵单元、智能控制单元、运料分析单元和发酵监控单元；本发明是通过智能控制单元将各加工设备联系起来并统一控制，通过运料分析单元进行运料分析，实现混合料的自动准确输送和输送过程的稳定顺利进行，显著提高送料效率，通过发酵分析单元进行发酵分析，能够同时对所有运行中的发酵池进行有效监控，智能化程度高。