本发明提供了一种HPC集群的软件管理系统，所述系统包括存储有所述HPC集群已安装软件的依赖关系数据和冲突关系数据的软件池、基于所述软件池获取待加载软件的依赖数据和冲突数据的软件冲突依赖检测模块、基于所述依赖数据和冲突数据可视化显示异常信息的异常判断模块和用于运行至少一个待加载软件及其全部依赖软件的独立软件运行环境，且不同软件运行环境之间可并行运行。所述系统可实现HPC集群大规模软件的自动化依赖和冲突检测，且能够以图形化的方式提示依赖和冲突检测的结果，可以为冲突软件提供同时间不同空间的、独立的软件运行环境，支持该环境的启动和关闭，简化用户的操作，使得所有用户均能方便快捷的使用HPC系统的软件资源。