本发明涉及废水除菌技术领域，尤其涉及一种禽畜养殖废水发酵除菌系统，包括厌氧发酵模块、化学除菌模块、固液分离模块、物理除菌模块、添料模块、检测模块和中控模块，所述中控模块用以根据沼气浓度判定发酵程度并在判定发酵程度符合标准后控制所述检测模块检测发酵后的养殖废水的pH值，并根据检测的pH值确定pH值调节剂的投入种类和投入量，当养殖废水的pH值符合标准后，中控模块根据养殖废水的含菌浓度确定杀菌剂的投入量。本发明通过发酵技术一方面可以去除一部分有害菌，再通过化学除菌模块和物理除菌模块进一步除菌，提高了除菌效率，另一方面去除一部分有机物并同时转化一部分难生物降解的有机物，降低了养殖废水后续处理的难度。