本发明涉及一种新型土壤微生物样品采集装置，包括支撑架，其特征在于，在所述支撑架的上部固定安装有底板，该底板上安装有上采集单元，在所述支撑架的下部安装有与上采集单元配合的下承接单元，所述的上采集单元包括电机支架、采集电机、内螺杆、外套管、导向块和采样筒，所述的电机支架固定安装在所述的底板上，在该电机支架上安装有沿竖直方向设置的采集电机，该采集电机的电机轴上安装有内螺杆，在所述内螺杆的外围套装有外套管。本发明的优点是：提高了采集效率，降低采集微生物的成本，以及降低工作人员的工作量。结构简单，性能可靠，操作方便。