本发明公开了一种生态河道的防渗结构，包括河底防渗结构和边坡防渗结构。河底防渗结构的层面结构与边坡防渗结构的层面结构相同并包括自下而上依次设置的粗砂垫层、复合土工膜、细粒土垫层、土工布、雷诺护垫层和种植土层；粗砂垫层的厚度为8～12cm；复合土工膜的两端各自嵌入开设在河道的两侧边坡顶面上的锚固槽内，并在锚固槽内回填满细粒土后压实；细粒土垫层的厚度为20～40cm；土工布的两端各自嵌入河道的两侧边坡顶面上的细粒土垫层内；雷诺护垫层由多个呈长方体的雷诺护垫单元组装而成；种植土层上栽种水生植物。本发明还公开了一种生态河道的防渗结构的施工方法。本发明的防渗蓄水效果好，施工方便，并能营造良好的生态环境。