本发明公开了一种劲性复合隔离桩结构的施工方法，隔离桩结构包括至少一个呈线状间隔分布的隔离桩机构，所述隔离桩机构包括柔性桩和PHC管桩，所述柔性桩钻入至地下，并介于建筑物和隧道之间，所述PHC管桩安插至所述柔性桩的内部。本发明中，兼具柔性桩与预制桩两种单一桩型的优点，具有质量可靠、整体性强、强度坚固、环境友好、便于施工，有助于缩短工期和提高工作效率等特点，可确保隧道穿越建筑物期间周边环境的安全，达到既能满足周边环境苛刻、占地面积小的需求，又能达到防护建筑物的要求，具有较高的经济效益和社会效益，在城市轨道交通、铁路公路等工程中具有广泛的应用前景。