本申请提供了一种巴氏杀菌过程中脱氧工艺方法及相关装置，包括：将初始原料投放至温料罐进行加热，得到温度达到第一预设值的待加工原料；将所述待加工原料投放至配料罐；控制所述配料罐连接的真空泵将存有所述待加工原料的配料罐内部抽取为负压；控制氮气机为负压配料罐注入氮气，使得所述负压配料罐内为预设压力值；加热目标状态下配料罐内的待加工原料，得到温度达到第二预设值的目标产品；将所述目标产品投放至高压均质机，得到均质后的产品；将所述均质后的产品进行杀菌冷却后转存至真空中转罐进行保存。在配料阶段增加真空和氮气条件，减少配料阶段的原料溶解的空气量，进而减少原料乳化加热过程中的空气掺杂，提高产品品质。