本发明提供一种无人船水质采样机构，包括船体，所述船体位于两侧甲板之间固定有收集箱，且收集箱顶部转动连接有上盖，所述收集箱内部通过轴承转动安装有台座，且台座表面上等距开设有五个安装位，五个所述台座安装位内部均放置有存水罐，通过收放卷机构和导向组件的配合作用下，抽水管移动的路径受到两个配重块的导向，防止抽水管受到浮力的作用位置偏移，同时配重块通过夹持槽的作用，进行密封夹持，防止不同深度的水混入到抽水管内部，提高检测的准确性，相对于现有技术，有效的提高了采水效率，节约了一采一返航所浪费的时间，同时不会因为下潜深度的问题而导致采样水混杂，对整个水源地的监测结果更加准确。