本发明提供一种东星斑分子溯源选择育种方法及其应用，提供了一种东星斑分子溯源选择育种方法，结合国内东星斑等鱼类育种现状，实现对现存的连续多代样本进行低成本基因组重测序，通过分子溯源分析它们的亲缘关系，完成对连续多代鱼类亲缘关系的鉴定，综合多代间的优良性状，科学辅助鱼类新品种选育工作，为鱼类新品种培育提供了一种科学高效的育种方法；本发明的方法能够在性成熟周期长且已培育多代而未进行系统选育鱼类的育种工作中具有广阔的应用前景，能够成为鱼类良种培育的有力工具，对于东星斑、杉斑、虎斑以及老鼠斑等已培育多代而未科学地选育的鱼类等水产养殖品种的育种工作具有重要意义。