本发明公开了一种微生物过滤装置及其方法，涉及过滤装置技术领域，为解决现有用于微生物的过滤装置中在过滤上存在不够到位，同时无法对过程进行监测，导致过滤过程不清晰且效果不够的问题。底座上端固定连接有沉淀箱，沉淀箱上端固定连接有过滤管，过滤管上端固定连接有入水箱，入水箱上端设置有入水管，入水箱一侧设有回水管，过滤管前端活动连接有活动门板，底座上端固定连接有第二支撑杆，第二支撑杆上端固定连接有显示屏，入水箱内设有第一水箱和第二水箱，过滤管内设有两个第一过滤网，沉淀箱内设置有第二过滤网，沉淀箱内底部活动连接有转杆，转杆内固定连接有多个第三过滤网。