本发明公开一种用于灵活性运行方式下空预器积灰治理系统及方法，涉及空气预热器积灰治理技术领域；该系统包括通过管路依次连通的燃煤锅炉、SCR脱硝系统、烟气在线监测系统、空气预热器、烟气排放系统；一次风管穿过空气预热器的空气侧后连接有磨煤机，磨煤机与燃煤锅炉一端连接；二次风管穿过空气预热器的空气侧后与燃煤锅炉另一端连接；一次风管和二次风管上分别连接有与空气预热器的空气侧并行设置的风量调节装置；空气预热器上安装有与控制系统连接的空气预热器状态在线监测系统。基于本发明上述系统的用于灵活性运行方式下空预器积灰治理方法，在防止空气预热器堵灰的同时，最大限度的提高了空气预热器的换热效率。