本发明属于衬砌隧道技术领域，具体涉及一种软岩隧道双隔双控系统施工方法，包括以下步骤：首先进行上台阶、中台阶、下台阶的开挖；各个台阶开挖完成后，在隧道表面喷射混凝土层，对隧道围岩进行加固，接着进行锚杆/索施工作业，施工完成后立即施加预紧力；其中，上台阶在隧道表面喷射混凝土层之前，首先通过超前注浆导管对掌子面进行超前注浆，以加强掌子面强度；整个隧道围岩表面完成锚杆/索施工后，立即在隧道表面架设拱架或桁架，拱架或桁架与隧道围岩之间预留200‑400mm的间距。本发明的施工方法采用锚杆/索和拱架或桁架对隧道进行支护，可将围岩变形量由米级降低到毫米级。