本发明提出一种三维地质模型生成方法、装置、电子设备和存储介质，其中，方法包括：通过获取矿山境界内用于指示矿山地表形态的矿山地表模型，以及获取各钻孔在矿山地表模型对应坐标系下的钻孔位置，实现根据各钻孔的钻孔位置，抽取岩芯，以得到对应钻孔中所含煤层的位置坐标，从而根据各钻孔中所含煤层的煤层位置坐标，确定对应煤层在地下分布的煤层坐标数据，在根据矿山地表模型确定多个采样点位置的地表坐标之后，根据多个采样点位置的地表坐标，以及煤层坐标数据中对应采样点位置的煤层坐标，生成三维地质模型。由此，可实现与矿山地表模型融合的三维地质模型设计，得到同时反映矿山地下煤层分布和地表形状的三维地质模型。