本发明涉及基于多要素分析的生态保护重要性评估方法及其集成系统。所述方法采用三级评估，其中一级评估的评估结果由二级评估结果集成，二级评估的评估结果由对应的三级评估结果集成，三级评估依据数据库的基础上，以各自相应的数学模型计算各自的评估指标。所述系统设置采用上述方法，设有用于实现各级评估的各级评估模块及用于提供基础数据的评估因子数据库。本发明基于遥感等现有技术手段获得的信息及其他相关信息，利用GIS等计算机信息处理技术，采用更为有效和更为准确的计算方法，大大方便了在进行国土空间规划视角下的生态评估工作，极大地节省了设计人员的实施操作时间，并能够有效地保证报告质量。