本发明涉及棉籽加工装置技术领域的一种浸泡式棉籽加工装置，包括投料仓、脱绒仓，所述脱绒仓下端部设有出料口且其上端部设有贯通其内部的进水口，所述脱绒仓内设有搅拌脱绒机构，所述脱绒仓外壁上设有贯通其内部的过渡仓，所述过渡仓上设有用于对脱绒仓内的水进行搅动的搅动机构，所述过渡仓内还设有滤网。本发明的有益效果是：通过设置过渡仓、搅动机构，搅动机构对脱绒仓内的水产生搅动效果，并配合搅拌脱绒机构对脱绒仓内的水产生多个方向的作用力，这样使得水流的方向处于变化状态，进而能够使棉籽在脱绒仓内受到多个方向水流的冲击，使得水流对棉籽短绒的剪切力方向能够变化，提高对棉籽短绒的脱绒效率。