本发明涉及一种基于水利工程的河道清淤闸门系统,涉及水利工程领域，包括闸门基座，堤坝基座上设置有两段堤坝，且两段堤坝之间设置有闸门机构；上游基座的顶面设为斜面，且上游基座的顶面面向闸门基座倾斜，下游基座的顶面设为弧形曲面，堤坝基座设置有与河道上游配合的扰动机构，堤坝基座设置有与扰动机构配合的抽吸机构，堤坝基座底端设置有与闸门机构配合的挡板机构，堤坝的正上方处设置有与闸门机构配合的吊索机构。本发明通过其独特的结构设计，既可以方便淤泥清淤机械的使用，结合设置在堤坝基座的机构构造，能够有效方便解决河道闸门淤泥堆积的问题，同时通过其独特的闸门机构，能够有效地解决因淤泥黏附而导致闸门无法吊运的问题。