本发明公布一种有机肥中重金属钝化剂及其制备方法及其应用，将乙酰丙酮铁加入到乙二醇中，在室温下与丙烯酸钠、乙酸钠搅拌，离心收集后用去离子水和乙醇冲洗，干燥后研磨成羧基化四氧化三铁粉末；将羧基化四氧化三铁粉末与碳酸钾粉末混合得混合粉末A；将凹凸棒土、混合粉末A和沸石混匀得混合粉末B；将麦饭石、羟基磷灰石、秸秆粉和骨炭粉、混合粉末B混合均匀得混合粉末C，与去离子水均匀混合，干燥研磨，获得重金属钝化剂。本方法以凹凸棒土和沸石等为基础材料，经过物理混合制备功能化纳米材料，有效钝化有机肥中的重金属。施于土壤后，既能提高土壤pH，抑制土壤酸化，又能固定粪便中的重金属离子，具有效果明显、环境友好等特点。