本发明公开一种基于耦合电感的双向直流故障限流器及其控制方法，包括耦合电感、放电回路模块、能量吸收模块；耦合电感用于限制故障电流的上升；放电回路模块由预充电电容、限流触发开关模块；能量吸收模块包括二极管和金属氧化物避雷器；耦合电感为三绕组结构，一次绕组串入主电路，起限流作用，二次绕组有两个绕组，分别用于限制正向故障电流和反向故障电流；限流触发开关模块由晶闸管串联构成，包括正向开关和反向开关。本发明仅耦合电感一次绕组串入主电路，通态损耗低，仅使用半控器件，从而降低成本；使用预充电电容放电，在耦合电感中产生很大的反向电压，能在短时间内将故障电流降低到较低水平，减短故障清除时间，降低了控制模块的成本。