本发明提供一种虚拟药物生成方法、装置及计算机设备，包括：获取待生成虚拟药物对应的工作流文件；根据所述工作流文件，确定待生成虚拟药物对应的至少一个处理环节；从软件池中确定每一处理环节对应的至少一个处理工具；将每一处理环节对应的处理工具分别进行组件化，得到各处理环节对应的处理工具组件；确定每一处理环节对应的计算资源，所述计算资源包括云计算资源和超级计算资源；控制所述处理工具组件调用对应的计算资源对其对应的处理环节进行处理。本发明能够实现根据实际需求对待生成虚拟药物的全流程进行处理，且对各处理环节的处理方式更加灵活，针对虚拟药物生成的适用性和可操作性更强。