本发明提出一种多源遥感数据结合地理分区数据的植被覆盖度反演方法，包括：基于中分辨率卫星遥感数据得到多光谱波段地表反射率数据；基于高分辨率遥感数据得到植被和非植被分类数据；对所述分类数据计算得到植被覆盖度样本；利用所述植被覆盖度样本和所述地表反射率数据构建基于生态分区的随机森林反演模型；基于所述反演模型，对该生态分区内的所述地表反射率数据进行植被覆盖度反演，得到分景的植被覆盖度。本发明还对应提出一种系统。本发明能够通过对每个生态分区建立模型，能提高植被覆盖度反演精度和数据生产效率。