本发明涉及水管道封堵的技术领域，公开了水厂大埋深水管道气囊填充式封堵施工方法，包括以下施工步骤：1)、开挖逆作井至通水段的下方，设置孔位，焊接法兰盘；2)、利用水泵将水管道内部的水排空；3)在通水段布置气囊以及定位结构，将气囊进行充气，直至气囊内压力达到设定压力后，气囊抵接着通水段的内侧壁，且抵压着定位结构，气囊将通水段与拆除段隔断布置；4)、切割拆除段，将拆除段与通水段分离；施工人员通过孔位进入通水段内部，设置定位结构以及气囊，将气囊充气后，气囊与通水段的内侧壁抵接，且抵压着定位结构，利用充气后的气囊将通水段隔断布置，然后再将拆除段拆除，施工简单，施工效率高。