本发明介绍了一种三维立体电极原位修复有机氮的工艺，其包括：步骤S1、使用彼得森采泥器采集河流的沉积物表层样和上覆水；步骤S2、对步骤S1中采集的水域表层样和上覆水进行保存处理；步骤S3、将步骤S2中的水域表层样和上覆水进行搅拌混合；步骤S4、使用三维立体电极原位修复有机氮的装置对步骤S3获得的混合物进行处理；所述三维立体电极原位修复有机氮的装置包括：电解槽、直流电源、阳极和阴极；所述直流电源正极和阳极相连；所述直流电源负极和阴极相连；所述阳极位于电解槽底部；所述阴极位于电解槽内的水面上；所述阳极材料为活性电极材料；所述阳极为立体多孔结构。本申请能够兼顾河湖沉积物复杂环境和固液两项，并实现氮元素的原位去除。