本发明公开了一种基于高能离子回授技术的等离子消毒系统及方法，包括电子控制中心和分别与电子控制中心相连的离子生成模块和离子喷射模块。在超声加湿近距离击穿技术基础上引进高能离子回授能量强化法，在等离子已经电离成功，并且经过回旋加速器强化获得高能量之后，将等离子引向电离室，在电离室中与大量的空气分子碰撞，激发与电离出更大批量的离子，或者使已经分解的离子获得更高的速度，满足用户需求，同时通过电子控制中心对电磁阀的控制，按照脉冲发生的时间和流量的要求，有节奏的开放和关闭，实现对离子喷射的浓度、间隔和时长的控制。