本发明公开了一种发动机防飞车安全控制系统及方法，系统包括：发动机、辅助泵、闭式泵、加载泵和卷扬马达；借助转速传感器、第一压力传感器、第二压力传感器及第三压力传感器等传感器实时监控主机实时工作状态，然后经过逻辑运算及判断选择控制，从加载泵、闭式泵、卷扬马达及防爆阀等被控对象中选择控制一种或几种被控对象来确保发动机与液压泵的扭矩平衡，避免了发动机飞车的事故，同时满足了发动机低能耗的要求。多重防飞车控制策略避免了因某一控制元件故障导致单一安全控制策略失效的风险，有效避免了发动机飞车的事故，提升了系统可靠性。