本发明提供一种病毒查杀方法、电子设备以及外设摆渡装置，方法包括：对外部设备进行病毒扫描和查杀，判断是否存在不合法文件；若外部设备不存在不合法文件，则病毒查杀通过；反之，则对相应的不合法文件进行隔离操作，并将不合法文件的隔离操作结果发送给用户，以实现文件预处理，能够将不安全的文件阻隔在保护系统的外部。且病毒查杀方法可用于外设摆渡装置，并将外设摆渡装置用到轨道交通系统网络结构，在不影响轨道交通内既有业务的情况下，实现对外部数据的在线升级杀毒，并且无需直接在现有轨道交通系统本地安装具有病毒查杀功能的软件，无需占用现有轨道交通系统宝贵的系统内部资源，利于内部核心业务系统的稳定运行。