本发明公开了一种基于双模谐振腔的太赫兹波导滤波器及其设计方法，属于太赫兹固态电路技术领域。该滤波器包括依次设置的输入波导、第一膜片、第一谐振腔、第二膜片、第二谐振腔、第三膜片、输出波导；通过改变第一谐振腔、第二谐振腔与相邻膜片的相对位置，在滤波器上阻带或下阻带引入一个独立可控的传输零点，极大提高滤波器的矩形系数，具有极佳的滤波性能；并且该滤波器具有很小的宽深比，整体结构关于E平面对称，能够有效降低加工难度，提高器件良品率，非常适合高精度低成本的数控铣削技术；同时，本发明提供的滤波器设计方法，能够实现对该滤波器的快速设计。