本发明公开了一种基于认知图谱的全科患者个性化诊疗方案推荐系统，该系统包括数据采集模块、数据预处理模块、数据分析推理模块和推荐结果显示模块，在数据分析推理模块中首先构建全科知识图谱，然后基于患者就诊时的疾病、症状、用药等信息和已构建的全科知识图谱，建立患者个性化的疾病发展轨迹的认知图谱，进而给出患者个性化诊疗方案推荐。本发明使用基于认知图谱的推理方法，使系统能够真正模拟临床医生的诊疗思路，为临床医生提供可解释的、可接受度高的临床辅助决策工具；本发明从症状出发，为患者制定个性化诊疗方案，帮助患者及早发现病因并接受针对性治疗，同时也能够实现危险疾病的早筛，提示患者及时转诊至专科治疗。