本发明公开了一种电子级超纯水处理系统及工艺，包括反渗透系统、深度处理系统和末端超滤系统；反渗透系统包括通过管路依次连接的一级RO水箱、RO高压泵、RO装置和碱封RO水箱，其中一级RO水箱与软化水不合格水箱连接，软化水合格水箱直接与碱封RO水箱连接；深度处理系统通过管路连接在碱封RO水箱的后端，深度处理系统包括通过管路依次连接的EDI进水泵、EDI装置、氮封水箱、脱气系统、终端抛光混床和终端供水泵。本发明采用上述结构的一种电子级超纯水处理系统及工艺，去除水中的不纯物，满足纯水水质的要求，整个纯水处理流程中能够连续供水，减少酸碱等废水的产生，降低能耗，减少了化学药品的使用量。