本申请公开了一种药瓶方向的自动识别装置及药瓶处理系统，自动识别装置包括：输送组件，用于承载并输送药瓶；其中，在所述药瓶的长度方向上，所述药瓶包括相对设置的第一端和第二端，且所述第一端的平均内径与所述第二端的平均内径不同；止挡件，活动设置于所述输送组件的运行方向上，用于与所述药瓶抵顶；方向检测组件，与所述止挡件邻近设置，且位于所述止挡件靠近所述输送组件的起始端一侧，用于在所述止挡件与所述药瓶抵顶后，判断是否为所述第一端与所述止挡件抵顶；若是，则所述药瓶投递方向正确；若否，则所述药瓶投递方向错误。通过上述方案，能够提高药瓶方向识别的效率，有效降低成本。