本发明公开一种乡村多能源系统边缘自治运行方法及系统，方法包括：根据乡村多能源系统的总供能平衡和负荷功率平衡、功能装置出力上下限及储能装置出力上下限，构建系统功率平衡约束集和设备出力约束集；基于所述系统功率平衡约束集和所述设备出力约束集，建立考虑绿色低碳的乡村多能源系统边缘运行多目标函数；对乡村多能源系统边缘运行多目标函数进行寻优求解，使得出满足优化目标的系统用能设备调度周期内具体用能功率与外购的电能、气能、热能功率，并形成系统最优协同运行方案。在满足乡村多能源负荷需求的前提下，有效提升能源供给自治能力和运行经济性，降低整个乡村多能源系统的二氧化碳排放量。