本发明公开了一种水下桩基泥浆施工辅助装置及施工方法，包括桩基水平定位机构，所述桩基水平定位机构具有通过4mm厚的钢板弯制而成的钢护筒，以及安装于所述钢护筒的定位杆；以及钢护筒定位导向架，所述钢护筒定位导向架搭建于所述钢护筒外周以保持所述钢护筒的位置；所述桩基水平定位机构包括两个钢护筒，分别为内护筒和外护筒；该系统通过所述桩基水平定位机构定位桩基水平位置。本发明的装置采用双层钢护筒套打、内护筒水下混凝土固定止水的方式，保证了其密封性和稳定性；采用临桩钢护筒充当临时泥浆池，进行泥浆循环，减少外排，环保效益好；采用水平定位辅助装置进行桩基钢护筒水平定位，提高桩基钻孔施工精度，防止偏位。