本发明公开了粪基因DNA全自动提取仪，包括提取仪壳体，提取仪壳体的内部上部设置有采集管位，采集管位的底板上放置有采集管架，采集管架沿着长度方向开设有若干个竖向采集管放置孔，且孔内均插接有采集管，采集管位的下方设置有收集管位，且收集管位的底板上放置有收集管架，本发明所达到的有益效果包括：本发明设置有搅拌机构，通过搅拌机构可以对粪便样本进行搅拌分解，搅匀稀释，若干个搅拌杆进行同步转动，使得粪便样本被搅匀稀释，分解过程自动化，同步对若干个采集管进行搅拌分解，提高效率，同时搅拌杆上设置吹气机构，通过吹气机构可以将采集管内的粪便样本挤入收集管中，避免人工倾倒容易漏出的问题。