本发明公开了一种蛋白数据填充方法、系统、计算机设备及可读存储介质，蛋白数据填充方法包括：共表达网络构建步骤：利用多套蛋白表达数据集进行目标蛋白的相关性分析，为每个目标蛋白构建共表达网络；预测模型构建步骤：基于待预测样本集对共表达网络进行修剪后构建预测模型；预测结果输出步骤：通过预测模型对待预测样本集的蛋白表达谱中的未定量的目标蛋白的丰度进行预测，输出未定量的目标蛋白的表达值。通过本发明填充缺失目标蛋白可以有效地提升下游应用性能，包括反卷积分析性能，即随着目标蛋白数目的增多，细胞比例的预测结果稳定性更高，即波动性更小，标准差更小，并且在确保填充准确性的前提下，降低模型了复杂程度，提升速度。