本实用新型公开了一种砷污染河流的梯级坝净化系统，包括沿砷污染河流从上游至下游依次设置的跌水堰、第一级拦截坝和透水坝，所述透水坝中为填充有砷吸附材料，所述跌水堰与所述第一级拦截坝之间的河道底部和岸坡铺设有石灰石层。本实用新型利用跌水堰和梯级坝的跌水复氧氧化、中和沉淀、吸附处理和植物净化等综合作用和深度处理方法，能提高砷污染河流水体的处理效果，简化运行处理难度，降低成本，简单实用，高效环保，减少含砷矿山下游的砷污染河流对生态环境的破坏，具有良好的经济和社会效益。