本实用新型公开了一种药物合成车间的排气处理系统，包括污水处理站以及与药物合成车间内反应釜相连通的水环式真空泵，还包括板式换热器，所述板式换热器内部设置有废气通道以及冷水通道，所述板式换热器的废气通道的一端与反应釜相连通、另一端与所述水环式真空泵的泵入口端相连通，所述板式换热器的冷水通道连通设置有循环冷水管，所述水环式真空泵的泵入口端还连通设置有循环水箱，所述水环式真空泵的泵出口端与循环水箱相连通，所述循环水箱与污水处理站相连通。本申请能够一定程度上减小药物合成车间排放废气的过程中对污水处理站造成的污水处理负荷。