本实用新型涉及微生物分离技术领域，尤其是微生物分离检验装置，针对现有技术中的微生物分离装置过滤时容易出现微生物堆积而影响过滤效率的问题，现提出如下方案，其包括分离箱和空压机，所述所述分离箱设有开口，分离箱内部固定有固定环，固定环内侧安装有半透膜，固定环固定有接料斗，所述分离箱顶部安装有用于密封开口的密封盖，所述密封盖底面安装有搅拌轴，搅拌轴底部固定有刮板，刮板与半透膜顶面抵接，所述密封盖顶部安装有输气管和进料管。本实用新型结构合理，操作简单，可以在过滤微生物的时候避免微生物堆积在半透膜表面的某一处，从而给有效的加快了半透膜的过滤效率，易于推广使用。