本申请提供一种智能降噪数据采集系统，包括：模拟信号输入模块，用于接收模拟信号；智能降噪数据采集卡，包括用于限幅或放大处理模拟信号得到处理后的模拟信号的模拟信号处理模块和用于将处理后的模拟信号经过模数转换为数字信号的模数信号转换模块；智能降噪数据采集卡还包括用于在数据采集初始阶段对智能降噪数据采集卡进行预热的预热处理模块，用于在对智能降噪数据采集卡进行预热结束之后实时采集数字信号的实时处理模块；数字信号输出模块，用于输出高信噪比数字信号。本实用新型提供的智能降噪数据采集系统，使用FPGA开发板上已有的存储和运算资源即可实现降噪功能，用于实时有效提高信号质量，不需要增加额外的存储和运算资源来支持该功能。