本实用新型涉及法兰连接密封结构技术领域，尤其涉及一种氢气过滤器法兰密封结构，包括主螺栓、螺母、垫圈、设备法兰、法兰盖；所述设备法兰与法兰盖通过主螺栓、螺母连接，所述垫圈安装在螺母内侧；还包括下唇形垫片、上唇形垫片和密封垫；所述下唇形垫片焊接在设备法兰内侧，上唇形垫片焊接在法兰盖内侧，所述下唇形垫片上表面具有凹槽，上唇形垫片下表面具有凸起；所述密封垫安装在下唇形垫片凹槽内。本实用新型所公开的一种氢气过滤器法兰密封结构是一种结构简单、具有双重密封作用的氢气过滤器法兰密封结构，其能够避免由于更换滤芯而进行重复密封焊，且密封性更强。