本实用新型公开了一种多功能膜过滤系统，包括通过主水管依次连接的污液池、多功能过滤模块和清液池，多功能过滤模块包括死端膜过滤器和错流膜过滤器，污液池的出水口通过管道同时连接死端膜过滤器和错流膜过滤器的入水口，死端膜过滤器的出水口与清液池的入水口通过管道接通，错流膜过滤器的出水口与清液池的入水口通过管道接通。采用本实用新型的显著效果是，可根据不同的情况使用死端膜过滤器和错流膜过滤器，脱碳泵堵塞的频率大大降低，连续运行周期也延长了，泵及其电机再也没有因为杂质或结晶对其造成损伤，降低了人工清理频率，降低了劳动强度，减少了配件损伤后更换的频率，降低了运行成本，增加了企业的经济效益。