本实用新型公开了一种检测细胞的纳米流式检测仪，包括纳米流式检测仪本体、显示屏和检测口，所述检测口的外部设有防护机构，所述防护机构包括卡条、遮罩、遮板和清洁海绵。本实用新型所述的一种检测细胞的纳米流式检测仪，属于生物检测技术领域，通过设置的防护机构，在纳米流式检测仪本体使用结束后，利用遮罩对检测口进行遮罩，来避免灰尘进入到检测口内对下一次检测造成影响，并且每次使用遮罩时，遮板上的清洁海绵会对显示屏进行清理，且设置的上样机构，可一次性存放多个需要进行检测的流式管，并在每一次检测结束后以转动定位的方式检测下一个流式管内的细胞，以此在解放人工操作的同时来提高整体的检测效率，并实现上样检测操作。