本实用新型公开了一种自动消毒的临床用计时器，包括：底座，底座的下侧粘贴连接有防滑垫，且底座的上侧一体化设置有外框架，外框架的上方固定有固定块；微型马达，微型马达安装在固定块内，且微型马达的输出端安装有消毒机构；计时器本体，计时器本体安装在外框架的内部。消毒机构包括消毒框、消毒箱、入料口、堵块、消毒管、加料口、消毒海绵和连接带，微型马达的输出端安装有纵截面呈弧线形结构的消毒框，且消毒框的内部安装有消毒箱。该自动消毒的临床用计时器能够对计时器进行及时消毒，避免手部污染计时器滋生细菌，且方便添加酒精，操作简便，并且方便对消毒海绵进行拆装更换，能够保证消毒效果。