本发明公开了一种多色量子点微球编码方法，它根据生物学研究特定的需要，选择合适的量子点做多色编码。通过控制装载液中多色QDs的摩尔浓度比率来得到不同荧光强度比率的编码微球。对于确定的各量子点，首先描出关于微球中不同信号强度比率和装载液中QDs浓度比率的工作曲线，通过这条曲线，初步评估量子点的有效编码库容量，并且用于指导微球的光学编码。本发明具有很好的精确性和重复性，操作简单易行，而且采用光谱仪能对编码微球进行快速准确的识别，有利于促进量子点编码微球的发展和应用。