本发明是关于便携式虹膜识别系统及其识别虹膜的方法，本发明的便携式虹膜识别系统包括：在用户距离内对准眼睛后，可以获得用户的虹膜影像的指示模块；把上述指示模块中获得的虹膜影像存储到存储器内；在上述存储器内存储的影像中检出虹膜的位置，使用虹膜码处理的影像处理器；同时还包括传输上述影像处理器中处理的虹膜影像的I/O模块。依据本发明的便携式虹膜识别系统及其识别虹膜的方法，在该便携式设备中由于增加了虹膜识别系统的硬件，所以用户可以更加方便地进行虹膜识别。